| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,034,193 | 1 | . | A | 72.0% | 121.7 / 48.8 | 50 | coding (262/1419 nt) | dcm | DNA cytosine methylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/2); new base A (0/36); total (12/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTT > W3110S.gb/2034175‑2034239 | tgAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:1572735/2‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGTATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2507818/65‑1 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:1054958/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:985821/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:934696/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:820215/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:758617/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:2517449/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:2423611/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:2020105/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1594422/65‑1 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:105107/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt > 1:1319018/1‑65 (MQ=255)cGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGt > 1:1944550/1‑64 (MQ=255) gattAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:666491/62‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATTCGTATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2378393/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:328821/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1490586/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:436163/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:439120/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:471148/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:522978/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:52380/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:534556/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:547602/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:606146/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:6664/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1108224/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1096536/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:863750/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:899217/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1076176/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:260455/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1524758/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1781374/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1805403/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1823561/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1901857/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1913887/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1999383/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1480703/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2066509/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2331545/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2344119/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1396245/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2440403/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:1219889/65‑1 (MQ=255) gAATAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:328577/65‑1 (MQ=255) aaTAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:2466197/64‑1 (MQ=255) aaTAGATCGATAAAGCGAAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGtt < 1:996902/64‑1 (MQ=255) | CGAATAGATCGATAAAGCG‑AAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTT > W3110S.gb/2034175‑2034239 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |