Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,163,6820GA71.6% 114.2 / 56.9 74F316F (TTC→TTT) parCDNA topoisomerase IV, subunit A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (21/0);  new base A (53/0);  total (74/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-02
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

AGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTT  >  W3110S.gb/3163629‑3163693
                                                     |           
ataCCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1603166/3‑65 (MQ=255)
agcccGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:718874/4‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAggtggt   >  1:1234448/1‑64 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAggtgg    >  1:1534279/1‑63 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:424102/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1925305/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1961675/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1961830/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:197442/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1009721/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1989659/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:2081458/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:2186086/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:2330272/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:269467/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:379313/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:391194/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:198231/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:586135/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:626194/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:662232/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:714849/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:742834/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:762545/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:817022/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:887871/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:894412/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:935304/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:96066/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:964714/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:119373/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1435545/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1440691/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1490920/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1323897/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1321168/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1502180/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1292024/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1557030/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1559147/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1619875/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1186733/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:165047/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1673471/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1164572/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1695669/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1706113/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1830036/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1114780/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1087096/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTCGtt  >  1:634109/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGCGATAGCTCTTTTACAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:1799491/1‑65 (MQ=255)
aGACCGATCATATTGAGGTTAATGAGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCAAAGAGGTGGtt  >  1:2227466/1‑65 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1051924/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:714526/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1354403/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:915260/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:75719/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:522801/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:834200/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:618099/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:565300/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1874525/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:520375/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1502822/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:2302864/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:2267350/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:220055/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:2057702/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1810329/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1814500/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1943997/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGaa           >  1:1891698/1‑40 (MQ=255)
                ggTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGAGaa           >  1:640653/1‑40 (MQ=255)
                                                     |           
AGACCGATCATATTAAGGTTAATACGATAGCTCTTTTCCAGATCGGTGGTAGCGAAGAGGTGGTT  >  W3110S.gb/3163629‑3163693

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑