Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,549,754	G→A	intergenic (+43/‑24)	fimC → / → fimD	chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,549,754	0	G	A	100.0%	60.0 / NA	18	intergenic (+43/‑24)	fimC/fimD	chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/18);  total (0/18)

CTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGA  >  W3110S.gb/4549731‑4549810                        |                                                         cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:221909/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:983045/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:841871/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:808142/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:612432/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:557428/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:501348/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:366413/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:2001470/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1944664/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1864072/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1706673/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1692869/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1638295/64‑1 (MQ=255) cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAttt                  <  1:1589751/64‑1 (MQ=255)  tGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTTAAttt                  <  1:1321725/63‑1 (MQ=255)                tGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa  <  1:959405/65‑1 (MQ=255)                tGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa  <  1:1494195/65‑1 (MQ=255)                        |                                                         CTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGA  >  W3110S.gb/4549731‑4549810

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑