Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,051,238	T→C	intergenic (+286/+147)	insB → / ← cspH	IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,051,238	0	T	C	100.0%	149.4 / NA	40	intergenic (+286/+147)	insB/cspH	IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (22/18);  total (22/18)

GCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCT  >  W3110S.gb/1051186‑1051294                                                     |                                                         gCTATTAATTATTGTTGGTAATCTAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1358330/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:108262/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:951143/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:91852/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:915170/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:343527/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:2286157/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:2072866/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:2042417/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1788497/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:170732/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1752000/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1080808/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1168575/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1610800/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1439373/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:133139/65‑1 (MQ=255) gCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTta                                              <  1:1261968/65‑1 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGGATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:1806502/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGata                         >  1:410117/1‑47 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:991607/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:692384/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:68966/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:643842/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:474071/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:412116/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:265000/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2379406/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2330497/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2283694/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2020876/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2018907/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:2017905/1‑65 (MQ=255)                                        tataACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAg       >  1:1976691/1‑65 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGatat                        >  1:73350/1‑43 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt  >  1:284528/1‑65 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt  >  1:270106/1‑65 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt  >  1:511637/1‑65 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt  >  1:561177/1‑65 (MQ=255)                                             cTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCt  >  1:114578/1‑65 (MQ=255)                                                     |                                                         GCTATTAATTATTGTTGGTAATATAGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCT  >  W3110S.gb/1051186‑1051294

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑