Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,177,952	C→T	Q317* (CAA→TAA)	lolC →	outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,177,952	0	C	T	100.0%	89.0 / NA	29	Q317* (CAA→TAA)	lolC	outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/29);  total (0/29)

ACAAATCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAG  >  W3110S.gb/1177927‑1177991                          |                                        aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1320558/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:889599/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:865773/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:846069/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:797142/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:641129/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:516073/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:33872/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:317435/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:236433/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:2331970/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:2253243/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:2080198/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1882839/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1785348/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1669135/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1567295/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1552353/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1461106/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:139435/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1391615/65‑1 (MQ=255) aCAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1269675/65‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGGTTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1760352/64‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:2104620/64‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1689898/64‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:2499187/64‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:428400/64‑1 (MQ=255)  cAAATCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:700786/64‑1 (MQ=255)   aaaTCATGATGGTCTTTATGGTGTAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAg  <  1:1601629/63‑1 (MQ=255)                          |                                        ACAAATCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAG  >  W3110S.gb/1177927‑1177991

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑