Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,770,406	T→C	intergenic (+135/+90)	yfjT → / ← yfjU	hypothetical protein/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,770,406	0	T	C	100.0%	109.1 / NA	30	intergenic (+135/+90)	yfjT/yfjU	hypothetical protein/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (5/25);  total (5/25)

GGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAA  >  W3110S.gb/2770384‑2770453                       |                                                ggTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGT‑AGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:707541/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1856097/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:758626/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:755422/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:412935/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:2381753/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:230645/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:2164244/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:2089487/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:105731/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1859474/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1847531/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1830908/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1610257/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1480303/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1467648/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1407622/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1332922/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:852073/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:857292/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1142686/65‑1 (MQ=255)  gTCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:954384/65‑1 (MQ=255)   tCAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:1546553/64‑1 (MQ=255)    cAGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:591434/63‑1 (MQ=255)     aGTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCtgtg      <  1:395413/62‑1 (MQ=255)      gTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGTCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTaa  >  1:604516/1‑65 (MQ=255)      gTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTaa  >  1:1950995/1‑65 (MQ=255)      gTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTaa  >  1:1315271/1‑65 (MQ=255)      gTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTaa  >  1:1192714/1‑65 (MQ=255)      gTTTTTTTCAGATATATCTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTaa  >  1:1059488/1‑65 (MQ=255)                       |                                                GGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAA  >  W3110S.gb/2770384‑2770453

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑