| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 89 (1.660) | 5/126 | 0.9 | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274307‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAACT > W3110S.gb/576000‑576069 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:798047/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4070495/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1871493/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:832923/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1975497/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1986010/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2745494/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2012432/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2029386/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:82658/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3866091/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:506235/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2185572/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2217934/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:770219/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:55217/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:237525/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2673220/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:2457403/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:706325/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3142312/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1017666/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1099665/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4003468/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1176814/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1266246/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1299099/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1418017/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:3720601/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1510635/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:3689196/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:3601806/71‑1ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3535284/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3451284/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3356180/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:333891/1‑71ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:1301806/1‑70ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:3492180/1‑70ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3107611/1‑68ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1080528/1‑68ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1520683/1‑68ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1671796/1‑68ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGAACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:1759934/1‑70ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATATCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:18562/1‑71 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTtga > 1:1865899/1‑68 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:2402156/70‑1 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3356322/1‑70 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1764040/70‑1 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2276447/1‑70 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1722792/1‑66 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3111617/1‑65 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:2708269/1‑65 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3514223/1‑65 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3884920/1‑65 AACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1109013/1‑65 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATG > 1:1594054/1‑70 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:3989247/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:972008/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:2643478/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:1994210/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:1823897/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:3867339/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:2802060/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:4057751/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:2936369/62‑1 TATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2943254/55‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:4009468/1‑71 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:211094/1‑71 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:1795759/1‑71 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:3124078/1‑71 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAG > 1:3873656/1‑71 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:989634/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:3806240/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:1081507/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:2063887/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:2870282/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:2945091/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:3814306/71‑1 GATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:939787/70‑1 GACAAACATTATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:1953907/1‑44 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:3491420/57‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:2725768/57‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:2067205/57‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:3755244/57‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:93060/57‑1 CAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:149621/48‑1 CTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAACT < 1:2737286/71‑1 CTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAACT < 1:252316/71‑1 CTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAACT < 1:2233297/71‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274307‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAACT > W3110S.gb/576000‑576069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |