| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 0 (0.000) | 45 (0.880) | 10/120 | 0.4 | 100% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018620‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > W3110S.gb/2519723‑2519791 CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT > 1:2215952/1‑71 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGc < 1:2516720/71‑2 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:1122718/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:3194061/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:2814554/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:2167731/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:919992/71‑1 ATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:1679846/71‑1 TCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:3820217/71‑1 TCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGT < 1:863547/71‑1 CGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGG < 1:2687616/69‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3635988/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3407982/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:3405049/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:1295340/71‑1 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2751228/71‑1 GCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:1899056/70‑1 GCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:343460/70‑1 GAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 1:1884253/61‑1 GAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 1:517296/61‑1 GAGACTTTACAGCCGCCAGGATGAAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 1:2012042/61‑1 CTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3798607/1‑70 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGAT < 1:1724289/70‑1 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGAT < 1:1914988/70‑1 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGAT < 1:1921316/70‑1 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:582255/48‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTA > 1:1554464/1‑71 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTA > 1:4087356/1‑71 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:2110105/1‑71 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3461827/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3952414/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3834146/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3830419/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:1682031/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:2314388/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:2748015/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:3635559/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:2869494/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:4088662/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT > 1:436873/1‑42 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGACTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAC > 1:878726/1‑70 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATT > 1:1577458/1‑49 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATT > 1:622157/1‑49 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATT > 1:3235914/1‑49 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATT > 1:461357/1‑49 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:1389705/1‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:2893500/1‑43 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:3625275/1‑43 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:322934/1‑43 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:2108293/1‑43 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:2032192/1‑43 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT > 1:1930689/1‑43 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:4123996/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:440699/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:1884494/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:3377955/1‑45 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:1070885/1‑45 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:2732962/1‑45 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:2377023/1‑45 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:947079/1‑45 CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018620‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > W3110S.gb/2519723‑2519791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |