| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 15 (0.280) | 60 (1.120) | 17/126 | 0.1 | 80.0% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748857‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > W3110S.gb/4056222‑4056280 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTC > 1:473404/1‑70 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:319152/1‑71 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:2385380/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:1113018/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:113463/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:716377/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:2835526/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3410228/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:1878497/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGATTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:4136594/69‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:2707246/70‑1 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:1085669/1‑71 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:453774/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:1870786/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:2974765/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:2218837/1‑71 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:3022944/60‑1 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:1472915/60‑1 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:3818818/60‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:3096792/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:825750/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:724178/1‑60 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG > 1:1153665/1‑71 TCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:2102673/70‑1 TCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:3975990/70‑1 TCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:3977138/70‑1 TCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:1439818/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:1427735/70‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:3773858/53‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:3796844/53‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:3025663/53‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:2495005/53‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCTACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:2827565/68‑1 TCCTGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:3549887/44‑1 TCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT > 1:3875688/1‑70 CCGGGTTATTTGTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG < 1:1440170/57‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:4024634/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:2634681/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:3364933/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:2387052/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:3720672/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:1531595/55‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:3020741/38‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGCCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:65703/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:907828/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:698191/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:2295033/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:2044588/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:1088230/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:3459913/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:3097767/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:2068133/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:1569272/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:727274/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:1277459/1‑55 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:879157/1‑55 TAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:2450094/1‑51 TAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 1:2090200/1‑51 AGGGGAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTCCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:35377/61‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:2598809/39‑1 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748857‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > W3110S.gb/4056222‑4056280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |