| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2173565 | NA (NA) | 55 (1.020) | 15/126 | 0.2 | 98.2% | pseudogene (306/2041 nt) pseudogene (306/339 nt) |
gatR gatR |
DNA‑binding transcriptional regulator; ECK2083:JW5340+JW2074:b4498 DNA‑binding transcriptional regulator, C‑ter fragment; ECK2083:JW2074:b2090 |
| ? | W3110S.gb | = 3932933 | 1 (0.020) | coding (222/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGTA > W3110S.gb/3932864‑3933000 | atgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGa > 1:2620949‑M2/67‑71 (MQ=255)atgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGa > 1:304768‑M2/67‑71 (MQ=255)atgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGa > 1:2333062‑M2/67‑71 (MQ=255) aCCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtg > 1:445949‑M2/1‑69 (MQ=255) aCCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtg > 1:1330413‑M2/1‑69 (MQ=255) ccTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtg > 1:200442‑M2/1‑68 (MQ=255) agtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGtgattaa < 1:2572853‑M2/9‑4 (MQ=255) agtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGtgattaa < 1:768526‑M2/9‑4 (MQ=255) agtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaAGtgattaa < 1:3408943‑M2/9‑4 (MQ=255) gCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacc < 1:742125‑M2/70‑11 (MQ=255) ctctgactgagagtttactcacttaggcgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTc < 1:2790136‑M2/16‑1 (MQ=255) ctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTc < 1:3689986‑M2/16‑1 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTc < 1:3779133‑M2/16‑1 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:2912737‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:2899061‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:2090182‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:2081925‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:759326‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:3492088‑M2/55‑71 (MQ=255) tctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg > 1:1800664‑M2/55‑71 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcct > 1:1013120‑M2/1‑55 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcct > 1:2728408‑M2/1‑55 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcct > 1:3602089‑M2/1‑55 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcct > 1:1612678‑M2/1‑55 (MQ=255) tcgTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgta > 1:3464884‑M2/2‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:3609905‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:3686153‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgta > 1:3653606‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:1570402‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:3882891‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgt > 1:1383981‑M2/1‑53 (MQ=255) gagagtttactcacttaggcgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaa < 1:238042‑M2/23‑1 (MQ=255) tCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:1905940‑M2/1‑50 (MQ=255) tCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:608932‑M2/1‑50 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:3620966‑M2/22‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:3927504‑M2/22‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:927861‑M2/22‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:2526169‑M2/22‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:1102979‑M2/22‑1 (MQ=255) ccGCTTTATATCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGTAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:2282570‑M2/1‑48 (MQ=255) ccGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatgga > 1:3876507‑M2/1‑48 (MQ=255) cGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:2287270‑M2/1‑47 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:460199‑M2/71‑26 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggaca < 1:65829‑M2/71‑26 (MQ=255) gCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgta > 1:1052048‑M2/1‑46 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:537711‑M2/35‑52 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:1310362‑M2/35‑52 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:3386340‑M2/35‑52 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:542759‑M2/35‑52 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:687037‑M2/35‑52 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:2908696‑M2/35‑52 (MQ=255) ccGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaa > 1:2656622‑M2/1‑37 (MQ=255) ccGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaa > 1:466026‑M2/1‑37 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatgga > 1:1593690‑M2/1‑34 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatgga > 1:834473‑M2/1‑34 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatgga > 1:1588989‑M2/1‑34 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatgga > 1:2394760‑M2/1‑34 (MQ=255) ccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCa < 1:3362438‑M2/35‑1 (MQ=255) ccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa < 1:3191598‑M2/42‑1 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:1537251‑M2/71‑44 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:1393483‑M2/71‑44 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:3785670‑M2/71‑44 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc < 1:3206341‑M2/71‑44 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:3345018‑M2/22‑1 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaa > 1:3294614‑M2/23‑70 (MQ=255) tccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaa > 1:4008957‑M2/23‑70 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa < 1:2349919‑M2/50‑1 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa < 1:3618152‑M2/50‑1 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa < 1:352377‑M2/50‑1 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa < 1:1055718‑M2/50‑1 (MQ=255) cactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa < 1:2364947‑M2/50‑1 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:3562553‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:180234‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:2603544‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:379812‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:3860049‑M2/1‑17 (MQ=255) caccacCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgt < 1:2559022‑M2/71‑59 (MQ=255) caccacCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgt < 1:1766123‑M2/71‑59 (MQ=255) gtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCa < 1:1754070‑M2/35‑1 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa < 1:1789193‑M2/42‑1 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACgg > 1:2459070‑M2/8‑52 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCa > 1:2749255‑M2/8‑70 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCa > 1:3416064‑M2/8‑70 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:2533832‑M2/8‑71 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:1107312‑M2/8‑71 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:2921149‑M2/8‑71 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:1729486‑M2/8‑71 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaatt > 1:35564‑M2/1‑11 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaatt > 1:1566490‑M2/1‑11 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaatt > 1:3373346‑M2/1‑11 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaatt > 1:1478845‑M2/1‑11 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaatt > 1:383888‑M2/1‑11 (MQ=255) aagatGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttc > 1:3225774‑M2/3‑8 (MQ=255) aagatGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttc > 1:3131756‑M2/3‑8 (MQ=255) aagatGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttc > 1:3744419‑M2/3‑8 (MQ=255) aagatGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttc > 1:3833839‑M2/3‑8 (MQ=255) gATGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggac < 1:1168905‑M2/71‑66 (MQ=255) gtgtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggact < 1:3897244‑M2/69‑67 (MQ=255) gtgtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggact < 1:2796915‑M2/69‑67 (MQ=255) tGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGTa > 1:424691/1‑69 (MQ=255) | CACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGTA > W3110S.gb/3932864‑3933000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |