| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 47,828 | 0 | A | G | 73.1% | 88.6 / 34.5 | 53 | V20V (GTA→GTG) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/9); new base G (24/14); total (30/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCG > W3110S.gb/47769‑47897 | atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCAt > 1:467425/1‑65 (MQ=255)atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCAt > 1:1717223/1‑65 (MQ=255)atGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATAGTGCCCa > 1:901196/1‑64 (MQ=255) gATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACg > 1:3391436/1‑71 (MQ=255) tAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTc > 1:53057/1‑71 (MQ=255) tAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTc > 1:3254947/1‑71 (MQ=255) tAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTc > 1:2703735/1‑71 (MQ=255) aGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCt > 1:1454975/1‑71 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCtt > 1:618189/1‑71 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCtt > 1:4089342/1‑71 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCtt > 1:3513715/1‑71 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCtt > 1:3225192/1‑71 (MQ=255) gCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCtt > 1:3223312/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTAGGTCTTGGTCTg > 1:1271281/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCt > 1:737780/1‑70 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:3419672/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1021147/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1375442/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:4013574/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:37786/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:3561627/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:3316479/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:3273654/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:1967480/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTg > 1:2204191/1‑71 (MQ=255) cGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGT‑GCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTgg > 1:4135812/1‑71 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:1986604/71‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:2143473/71‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:2983011/71‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:876450/71‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTggg < 1:2429231/71‑1 (MQ=255) ttCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGAt > 1:1409392/1‑69 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACTTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:1626969/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:1649403/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:302296/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:2655964/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:1789528/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:4107590/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa < 1:324052/71‑1 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCTGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt > 1:2663004/1‑71 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTTGTCTGGGATCGGTACtt > 1:3522823/1‑71 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt > 1:2154254/1‑71 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:1308565/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:609717/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:525446/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:3151992/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:3714153/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:3378418/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:2984166/70‑1 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAc < 1:1615183/71‑1 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTGCCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAc < 1:3707679/71‑1 (MQ=255) tACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCg < 1:3513543/71‑1 (MQ=255) tACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCg < 1:3371219/71‑1 (MQ=255) | ATGGATAGCCATACGCTGATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCG > W3110S.gb/47769‑47897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |