| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,461,479 | 0 | G | A | 63.4% | 32.2 / 42.4 | 41 | G238S (GGT→AGT) | paaH | 3‑hydroxybutyryl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/15); new base A (16/10); total (16/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATTGACGCTGCACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGTTT > W3110S.gb/1461413‑1461517 | aTTGACGCTGCACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTc < 1:3995810/70‑1 (MQ=255)aTTGACGCTGCACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTc < 1:3060339/70‑1 (MQ=255) cACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCaa < 1:632306/70‑1 (MQ=255) cACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCaa < 1:3503183/70‑1 (MQ=255) cACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCaa < 1:1819646/70‑1 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTc > 1:2938220/1‑60 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt > 1:990207/1‑71 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt > 1:407851/1‑71 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt > 1:2406815/1‑71 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt > 1:2095295/1‑71 (MQ=255) gATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt > 1:1820870/1‑71 (MQ=255) aTGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTc < 1:58018/71‑1 (MQ=255) gTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTc < 1:2001630/70‑1 (MQ=255) gTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTc < 1:3214129/70‑1 (MQ=255) gTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTc < 1:665700/70‑1 (MQ=255) gTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTc < 1:3112498/70‑1 (MQ=255) gTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTc < 1:489518/70‑1 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:3743655/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:1645802/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:3103052/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:3029742/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:2762888/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:2750896/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:2693151/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:858420/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGttt > 1:1035889/1‑70 (MQ=255) gATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTAGTCAGGACCTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGAGttt > 1:3715064/1‑70 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:43429/38‑1 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:1214500/38‑1 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:1239312/38‑1 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:3169515/38‑1 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:1866465/38‑1 (MQ=255) ttAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGt < 1:1878243/38‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:3443967/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:1869481/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:1748896/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:1812843/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:2518346/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:626144/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:1077889/42‑1 (MQ=255) aTCTGATTGCTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCgg < 1:2047981/42‑1 (MQ=255) | ATTGACGCTGCACTTCGCGATGGCGCTGGTTTCCCGATGGGGCCGCTGGAATTAACCGATCTGATTGGTCAGGACGTCAATTTTGCTGTCACCTGTTCGGTGTTT > W3110S.gb/1461413‑1461517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |