| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,874,461 | 0 | A | G | 54.9% | 13.9 / 67.8 | 51 | I175I (ATT→ATC) | cysD | sulfate adenylyltransferase, subunit 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/8); new base G (16/12); total (31/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGC > W3110S.gb/2874400‑2874516 | gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:185609/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:906621/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:2493113/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:3327947/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:2742417/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:1501934/1‑63 (MQ=255)gCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTaa > 1:1494815/1‑63 (MQ=255) aGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTg > 1:3301123/1‑71 (MQ=255) gATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGt < 1:2157488/71‑1 (MQ=255) gATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGt < 1:2442256/71‑1 (MQ=255) gATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGt < 1:3212748/71‑1 (MQ=255) gATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGt < 1:3673250/71‑1 (MQ=255) gATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGt < 1:4042440/71‑1 (MQ=255) atatCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa < 1:236892/71‑1 (MQ=255) tatCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa < 1:968184/70‑1 (MQ=255) atCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGt > 1:3202587/1‑71 (MQ=255) atCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGt > 1:2166247/1‑71 (MQ=255) atCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGt > 1:2783918/1‑71 (MQ=255) atCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGt > 1:173034/1‑71 (MQ=255) tCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGtt > 1:2864429/1‑71 (MQ=255) cTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTtg > 1:780560/1‑70 (MQ=255) cTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTtg > 1:1071656/1‑70 (MQ=255) tCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGc < 1:4058474/71‑1 (MQ=255) tCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGc < 1:2466376/71‑1 (MQ=255) tCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGc < 1:3784801/71‑1 (MQ=255) cAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGc < 1:2894126/69‑1 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:1277730/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:2291183/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:3303782/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:3762831/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:3870340/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:638310/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:3925064/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:3932901/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:1239897/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:738387/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:2746362/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:16874/1‑53 (MQ=255) tAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAg > 1:2320334/1‑53 (MQ=255) agagagCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGc > 1:4123425/1‑64 (MQ=255) agagagCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCggg > 1:3139933/1‑70 (MQ=255) aaGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGAttttt > 1:1271387/1‑71 (MQ=255) aaGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGAttttt > 1:379111/1‑71 (MQ=255) cgcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGa < 1:1392180/71‑1 (MQ=255) cgcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGa < 1:1273773/71‑1 (MQ=255) cgcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGa < 1:724111/71‑1 (MQ=255) cgcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGa < 1:1683280/71‑1 (MQ=255) cgcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGa < 1:179824/71‑1 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:1202010/1‑36 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:1197639/1‑36 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:3352838/1‑36 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:1467270/1‑36 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:2761687/1‑36 (MQ=255) gcgGATGCTTTCGCCTTTGTTGATTTGCCCGTTGTa > 1:2559159/1‑36 (MQ=255) cTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGc < 1:3966993/70‑1 (MQ=255) cTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGc < 1:3884780/70‑1 (MQ=255) cTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGc < 1:733812/70‑1 (MQ=255) cTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGc < 1:2150319/70‑1 (MQ=255) | GCCAGATATCCTGCTCGGTCCAGTTAGAGAGCGGGAAGACGCGGATGCTTTCGCCTTTGTTAATTTGCCCGTTGTAGTTGTGCCACAGCTCCGGGCGCTGATTTTTCGGATCCCAGC > W3110S.gb/2874400‑2874516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |