| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,566,303 | 0 | T | C | 59.3% | 13.6 / 28.7 | 27 | C8C (TGT→TGC) | yihR | predicted aldose‑1‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/11); new base C (4/12); total (4/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGC > W3110S.gb/3566242‑3566353 | cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:1167676/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:1365260/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:1408133/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:405045/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:1782737/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:2041921/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:2050661/71‑1 (MQ=255)cAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:3875436/71‑1 (MQ=255) aGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATc < 1:2196717/70‑1 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg < 1:2192825/70‑1 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg < 1:2672250/70‑1 (MQ=255) aGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTg < 1:2602864/70‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:907168/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:840059/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:791001/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:2640486/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:2431891/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:2343198/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:1473242/43‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTc < 1:384436/66‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTc < 1:621308/66‑1 (MQ=255) tATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTc < 1:871991/66‑1 (MQ=255) tATGACGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATg < 1:1108610/43‑1 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGcc > 1:3819212/1‑71 (MQ=255) tGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGcc > 1:1257602/1‑71 (MQ=255) tCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCcgc > 1:2622639/1‑71 (MQ=255) tCGTTAATTAAGGTGCCTTGCATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCcgc > 1:1696539/1‑71 (MQ=255) | CAGTTTTTGGGTTTGACATCAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTCGTTAATTAAGGTGCCTTGTATGCAAATCACCAATATGCATTGCAGTGGACAGACCGTTTCACTTGCCGC > W3110S.gb/3566242‑3566353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |