| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,628,104 | 0 | G | A | 72.2% | 52.7 / 25.0 | 36 | V161V (GTG→GTA) | rhtB | neutral amino‑acid efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/10); new base A (14/12); total (14/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCCGCAACTGATGCAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAGG > W3110S.gb/3628043‑3628171 | aGCCGCAACTGATGCAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt < 1:186710/71‑1 (MQ=255)aGCCGCAACTGATGCAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt < 1:2399748/71‑1 (MQ=255)aGCCGCAACTGATGCAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGAGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt < 1:2086388/71‑1 (MQ=255) cAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCg < 1:1213297/55‑1 (MQ=255) cAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCg < 1:1672409/55‑1 (MQ=255) cAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCg < 1:3323346/55‑1 (MQ=255) cAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCg < 1:3272477/55‑1 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:415629/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:4138893/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:390088/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:1576227/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:3690556/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:3657959/1‑55 (MQ=255) gTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGt > 1:2198720/1‑55 (MQ=255) tatCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAAc > 1:2959824/1‑71 (MQ=255) tatCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAAc > 1:2955174/1‑71 (MQ=255) tatCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAAc > 1:1426335/1‑71 (MQ=255) tCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACg > 1:847512/1‑70 (MQ=255) tCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACg > 1:1813189/1‑70 (MQ=255) gCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCg < 1:4006459/39‑1 (MQ=255) gTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATg < 1:854534/71‑1 (MQ=255) gTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATg < 1:2189584/71‑1 (MQ=255) gTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATg < 1:725879/71‑1 (MQ=255) gTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATg < 1:4109033/71‑1 (MQ=255) ttGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGGTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGa > 1:2967536/1‑71 (MQ=255) ttGTGGTCGATATTATTGTAATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGa > 1:1191641/1‑71 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:1639653/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:717458/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:1363636/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:3996092/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:1461054/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:1698023/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:3476300/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:2059825/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:3208945/57‑1 (MQ=255) ttattGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAg < 1:2674116/57‑1 (MQ=255) tgtaATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAgg > 1:2279483/1‑71 (MQ=255) tgtaATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAgg > 1:4063090/1‑71 (MQ=255) tgtaATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAgg > 1:4135502/1‑71 (MQ=255) tgtaATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAgg > 1:348977/1‑71 (MQ=255) tgtaATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAg > 1:2890485/1‑70 (MQ=255) | AGCCGCAACTGATGCAGTATATCGTGCTCGGCGTCACCACTATTGTGGTCGATATTATTGTGATGATCGGTTACGCCACCCTTGCTCAACGGATTGCTCTATGGATTAAAGGACCAAAGCAGATGAAGG > W3110S.gb/3628043‑3628171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |