| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,518,471 | T→C | intergenic (‑305/‑120) | yiiU ← / → glpF | conserved hypothetical protein/glycerol facilitator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,518,471 | 0 | T | C | 91.2% | 945.5 / 54.7 | 298 | intergenic (‑305/‑120) | yiiU/glpF | conserved hypothetical protein/glycerol facilitator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/23); new base C (127/144); total (131/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TCATGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTG > W3110S.gb/3518408‑3518537 | tcatGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGt > 1:1481987/1‑70 (MQ=255) gTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGa > 1:3345351/1‑70 (MQ=255) cAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGa < 1:1168980/67‑1 (MQ=255) cAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATAtt > 1:1912495/1‑71 (MQ=255) cAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATAtt > 1:290571/1‑71 (MQ=255) cAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATAtt > 1:2518983/1‑71 (MQ=255) cAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTtctc > 1:1745262/1‑71 (MQ=255) cAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTtctc > 1:2703801/1‑71 (MQ=255) cAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTtctc > 1:3890700/1‑71 (MQ=255) cAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTtctc > 1:3605994/1‑71 (MQ=255) aGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCg > 1:1054061/1‑71 (MQ=255) aTAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:727621/71‑1 (MQ=255) aTAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:774972/71‑1 (MQ=255) aTAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:3822704/71‑1 (MQ=255) aTAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:1536322/71‑1 (MQ=255) aTAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:2804115/71‑1 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGGACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTc > 1:911600/1‑70 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:214176/1‑71 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:2679464/1‑71 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:1859096/1‑71 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:1129167/1‑71 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:430532/1‑71 (MQ=255) aaTGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCg > 1:3493478/1‑71 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:3145555/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:2351394/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:1035364/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:923500/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:1802515/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:1191458/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:1412240/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:464958/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:1517810/1‑70 (MQ=255) tGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGt > 1:4046720/1‑70 (MQ=255) gcgcGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTaa > 1:2157646/1‑71 (MQ=255) gcgcGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTaa > 1:571848/1‑71 (MQ=255) gcgcGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTaa > 1:3221319/1‑71 (MQ=255) cgcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:3310057/71‑1 (MQ=255) cgcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:3195941/71‑1 (MQ=255) cgcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:3254152/71‑1 (MQ=255) cgcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:2172481/71‑1 (MQ=255) cgcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:4115695/71‑1 (MQ=255) gcgATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAAc < 1:967582/70‑1 (MQ=255) aTAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGc < 1:2951663/59‑1 (MQ=255) aTAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGAt > 1:645672/1‑70 (MQ=255) aTAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGAt > 1:2102647/1‑70 (MQ=255) tAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGAt > 1:3068114/1‑69 (MQ=255) aaCGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAg > 1:317534/1‑71 (MQ=255) aaCGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAg > 1:872991/1‑71 (MQ=255) aaCGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAg > 1:2408165/1‑71 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:2638657/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:400368/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:1932844/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:199754/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:2116590/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:220120/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:3152317/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:2769028/71‑1 (MQ=255) cGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGtt < 1:947066/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa > 1:2033273/1‑71 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:545044/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa > 1:1884677/1‑71 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa > 1:3870809/1‑71 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:979189/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:621157/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa > 1:3689667/1‑71 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:358398/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:3418613/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:2481305/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:224016/71‑1 (MQ=255) cTCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:2282869/71‑1 (MQ=255) tCATTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:256440/70‑1 (MQ=255) aTTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:3537431/69‑1 (MQ=255) aTTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:3929947/69‑1 (MQ=255) aTTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:2302195/69‑1 (MQ=255) aTTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACa < 1:3937939/70‑1 (MQ=255) aTTTTATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAg < 1:943124/71‑1 (MQ=255) ttttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:127246/68‑1 (MQ=255) ttttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:1350883/68‑1 (MQ=255) ttttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTAc < 1:3779552/68‑1 (MQ=255) ttATGCCGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGttt > 1:2872984/1‑64 (MQ=255) ttATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa > 1:2747117/1‑65 (MQ=255) tATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCAt < 1:826106/70‑1 (MQ=255) tATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCAt < 1:2573001/70‑1 (MQ=255) tATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCAt < 1:1252352/70‑1 (MQ=255) tATGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCAt < 1:1556121/70‑1 (MQ=255) aTGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATg < 1:3731572/70‑1 (MQ=255) aTGACGAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATg < 1:2973494/70‑1 (MQ=255) gAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACa < 1:3444945/71‑1 (MQ=255) gAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACa < 1:1650387/71‑1 (MQ=255) gAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACa < 1:3039327/71‑1 (MQ=255) gAGGCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACa < 1:2859535/71‑1 (MQ=255) gCACACACATCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAg > 1:902606/1‑70 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATc < 1:1318972/71‑1 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATc < 1:840379/71‑1 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATc < 1:3007676/71‑1 (MQ=255) cacacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATc < 1:123274/71‑1 (MQ=255) acacaTTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATc < 1:1455298/70‑1 (MQ=255) caTCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTa < 1:3629324/48‑1 (MQ=255) caTCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAg < 1:1396698/51‑1 (MQ=255) caTCTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAg < 1:504165/51‑1 (MQ=255) | TCATGTACAATCAGATGGAATAAATGGCGCGATAACGCTCATTTTATGACGAGGCACACACATTTTAAGTTCGATATTTCTCGTTTTTGCTCGTTAACGATAAGTTTACAGCATGCCTACAAGCATCGTG > W3110S.gb/3518408‑3518537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |