| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,679,440 | A→G | I194V (ATT→GTT) | ilvY → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,679,440 | 0 | A | G | 83.9% | 75.9 / 7.9 | 31 | I194V (ATT→GTT) | ilvY | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/0); new base G (8/18); total (13/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTAA > W3110S.gb/3679380‑3679507 | ccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCg < 1:3961773/70‑1 (MQ=255)ccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCg < 1:3424642/70‑1 (MQ=255)ccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCg < 1:3131737/70‑1 (MQ=255)ccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCg < 1:2038892/70‑1 (MQ=255) gcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCTTTTATTATGGCCGATCAg > 1:3806569/1‑71 (MQ=255) gcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAg > 1:1425846/1‑71 (MQ=255) gcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAg > 1:1674125/1‑71 (MQ=255) gcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAg > 1:2760398/1‑71 (MQ=255) cccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa < 1:947769/69‑1 (MQ=255) cccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa < 1:559403/69‑1 (MQ=255) cGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAgggg > 1:1199545/1‑71 (MQ=255) cGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAgggg > 1:1498294/1‑71 (MQ=255) cGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAgggg > 1:1503117/1‑71 (MQ=255) aGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgccg > 1:3876564/1‑70 (MQ=255) ggTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTg < 1:2517093/71‑1 (MQ=255) ggTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTg < 1:1759908/71‑1 (MQ=255) tCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCaa > 1:2994547/1‑71 (MQ=255) tCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCaa > 1:1655076/1‑71 (MQ=255) tCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCaa > 1:3475505/1‑71 (MQ=255) tCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCaa > 1:2745060/1‑71 (MQ=255) cGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATaaa < 1:1634950/71‑1 (MQ=255) cGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATaaa < 1:1556660/71‑1 (MQ=255) cGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATaaa < 1:3978456/71‑1 (MQ=255) cGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATaaa < 1:3989796/71‑1 (MQ=255) cGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATaaa < 1:1947330/71‑1 (MQ=255) gTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGt > 1:2723474/1‑50 (MQ=255) tttGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTaa < 1:2832623/71‑1 (MQ=255) tttGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTaa < 1:2947853/71‑1 (MQ=255) tttGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTaa < 1:3017167/71‑1 (MQ=255) tttGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTaa < 1:934765/71‑1 (MQ=255) tttGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTaa < 1:938623/71‑1 (MQ=255) | CCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGTAA > W3110S.gb/3679380‑3679507 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |