| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,271,811 | A→G | Y369C (TAT→TGT) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 78.0% | 121.2 / 30.3 | 59 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/0); new base G (32/14); total (45/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGC > W3110S.gb/4271746‑4271880 | cATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCa > 1:2734024/1‑71 (MQ=255) ttaaGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:345455/4‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1186575/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:214342/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2203050/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2373257/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1667775/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2649688/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:3074372/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:3326897/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:511527/1‑71 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:606674/1‑71 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:3326562/1‑63 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:164234/1‑63 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCAt > 1:3662419/1‑63 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCg > 1:2105815/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCgg > 1:987062/1‑70 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:2006017/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:1866694/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:359207/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGt > 1:3170514/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTc > 1:3715555/1‑70 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:965334/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:1304353/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:1494700/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:3100792/1‑71 (MQ=255) aCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:3019802/1‑71 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCATGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:506536/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:2305823/70‑1 (MQ=255) cagTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:2655866/69‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:516184/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:904871/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:3775202/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:282931/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:3737463/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1586304/71‑1 (MQ=255) ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:164491/1‑50 (MQ=255) ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:3225720/1‑50 (MQ=255) ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:914732/1‑50 (MQ=255) ttAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTgtctgtct > 1:2923937/1‑50 (MQ=255) gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc > 1:733462/1‑43 (MQ=255) gCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc > 1:577406/1‑43 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGtt > 1:276875/1‑70 (MQ=255) aGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGtt > 1:3340089/1‑70 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:3651778/71‑1 (MQ=255) ttGACCGACTACGTGAAGAATTTTGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAAt < 1:1859057/71‑1 (MQ=255) gACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1491303/45‑1 (MQ=255) tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:1696292/71‑1 (MQ=255) tGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTAc < 1:956240/71‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:1285658/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:1857500/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2922739/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3296321/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3291586/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2598474/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3166943/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3141903/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2716872/1‑62 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCAGGGTTAAATACGGCaaa > 1:48217/1‑62 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:1034381/1‑71 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:615308/1‑71 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:3444062/1‑71 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:1639445/1‑71 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:2863738/1‑71 (MQ=255) tATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGc > 1:2629863/1‑71 (MQ=255) aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1404503/1‑40 (MQ=255) aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1642118/1‑40 (MQ=255) aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:2028034/1‑40 (MQ=255) aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1941889/1‑40 (MQ=255) aTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa > 1:1934205/1‑40 (MQ=255) | CATGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAAAGGC > W3110S.gb/4271746‑4271880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |