| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,295,565 | T→C | F154F (TTT→TTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,295,565 | 0 | T | C | 94.4% | 364.7 / 7.5 | 108 | F154F (TTT→TTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/0); new base C (49/53); total (55/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGT > W3110S.gb/4295503‑4295631 | tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAcc > 1:2409553/1‑71 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAcc > 1:2506738/1‑71 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAcc > 1:737350/1‑71 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAcc > 1:1492440/1‑71 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:742194/1‑70 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:2733219/1‑70 (MQ=255)tttCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATACTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAcc > 1:3027675/1‑71 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:1628164/1‑61 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:2856368/1‑61 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:173507/1‑61 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:1513832/1‑61 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:1062847/1‑61 (MQ=255) gCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:449101/1‑61 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:3929380/71‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:4055055/71‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:1507694/71‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:1542279/71‑1 (MQ=255) cAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:2521812/71‑1 (MQ=255) aaTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCTCTGCTTTAc < 1:1272658/70‑1 (MQ=255) aaTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTAc < 1:3800437/70‑1 (MQ=255) gCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTAt < 1:287687/71‑1 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt > 1:2310358/1‑71 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt > 1:1137163/1‑71 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt > 1:1276124/1‑71 (MQ=255) aTCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt > 1:1965102/1‑71 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:3858386/1‑62 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:665066/1‑62 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:3588962/1‑62 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:3638789/1‑62 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:364430/1‑62 (MQ=255) ctcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:3698605/1‑62 (MQ=255) tcAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt > 1:1488518/1‑70 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt < 1:3274984/68‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt < 1:2112240/68‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGttt < 1:550213/68‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:3381666/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:3573061/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2903388/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2640087/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:762827/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2283698/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:1354226/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:134954/66‑1 (MQ=255) aaTCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2161921/66‑1 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGGCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:4120908/64‑1 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg < 1:1170483/49‑1 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg < 1:2856669/49‑1 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgc > 1:3478857/1‑71 (MQ=255) aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTCACCTTg < 1:526927/49‑1 (MQ=39) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATg > 1:3020271/1‑54 (MQ=255) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg > 1:3084975/1‑71 (MQ=255) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg > 1:507385/1‑71 (MQ=255) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg > 1:2008172/1‑71 (MQ=255) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg > 1:512183/1‑71 (MQ=255) ggctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGc > 1:3746323/2‑56 (MQ=39) caatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:2848067/68‑1 (MQ=255) caatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:3605368/68‑1 (MQ=255) caatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:2251506/68‑1 (MQ=255) caatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:2415934/68‑1 (MQ=255) caatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:2563569/68‑1 (MQ=255) aatgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg < 1:1797121/68‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:340379/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:186835/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:1407819/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:3232563/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:2514128/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:3143247/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:3525561/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:1346410/71‑1 (MQ=255) aaCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGc < 1:2626766/71‑1 (MQ=255) aCATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg < 1:3186910/41‑1 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCt > 1:2789699/1‑37 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCt > 1:2229123/1‑42 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:2403912/1‑43 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:1245783/1‑43 (MQ=255) aTCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:297861/1‑43 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3831392/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:1496466/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3767779/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3387002/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:2150771/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3084050/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3106325/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:3222666/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTg > 1:1082018/1‑70 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTg > 1:1166077/1‑70 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTg > 1:1922015/1‑70 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGgc < 1:3875939/70‑1 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGgc < 1:4112956/70‑1 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGgc < 1:3070304/70‑1 (MQ=255) tgTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCt > 1:2184697/2‑71 (MQ=255) ggTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGt < 1:2450386/45‑1 (MQ=255) gTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:3505901/35‑1 (MQ=255) gTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:261664/35‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |