| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,491,067 | G→A | V56V (GTG→GTA) | yjgP → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,491,067 | 0 | G | A | 93.3% | 276.9 / 8.4 | 89 | V56V (GTG→GTA) | yjgP | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base A (7/76); total (11/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTGGGCAAACTG > W3110S.gb/4491004‑4491136 | cGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGaaa > 1:1630365/1‑71 (MQ=255)cGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGaaa > 1:3087299/1‑71 (MQ=255)cGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGaaa > 1:2973091/1‑71 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:1929024/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:2034277/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:2209337/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:2228220/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:1605182/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:2541987/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:396675/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:433536/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:459503/71‑1 (MQ=255) cGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:610582/71‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:101958/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:3180311/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2497126/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:972783/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:302813/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:178748/70‑1 (MQ=255) aCGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:1224574/69‑1 (MQ=255) ggCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCt < 1:3002273/71‑1 (MQ=255) ggCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCt < 1:2003803/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAg < 1:4067392/61‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:604275/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:3523192/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:3524231/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:3718152/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:763409/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:1850313/71‑1 (MQ=255) gATATTTCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc > 1:3734132/1‑70 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:1618994/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:629788/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:957287/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:2546584/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:971075/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:3261399/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:3191684/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:3131106/50‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:671072/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:103029/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:912907/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:1381917/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:3143673/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:1531295/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:2249268/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc > 1:1735007/1‑70 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc > 1:410756/1‑70 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGAAGCTTATCCTGcc < 1:807673/71‑1 (MQ=255) atatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:966989/70‑1 (MQ=255) atatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:428622/70‑1 (MQ=255) tatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCAt > 1:2406140/1‑71 (MQ=255) ccGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCa > 1:4059909/1‑53 (MQ=255) ccGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAg > 1:243696/1‑71 (MQ=255) ccGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAg > 1:417233/1‑71 (MQ=255) ccGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAg > 1:550436/1‑71 (MQ=255) gctaaTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:2609639/59‑1 (MQ=255) gCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:1549863/41‑1 (MQ=255) aaTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGcc < 1:2747288/59‑1 (MQ=255) aaTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGtt < 1:380734/71‑1 (MQ=255) aaTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGtt < 1:344094/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:40384/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:2264968/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:731094/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:2070793/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:401870/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:3834061/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:3047194/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:2791217/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:2552349/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:3601698/71‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:4108385/69‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:1350012/69‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:2459120/69‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:1377482/69‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGctgctg < 1:1543063/70‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGctgctg < 1:367948/70‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGctgctg < 1:3312057/70‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGctgctg < 1:3142149/70‑1 (MQ=255) cTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGctgctg < 1:2935139/69‑1 (MQ=255) tctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct < 1:79633/63‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCtgat < 1:1389518/68‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCtgat < 1:2005128/68‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCtgat < 1:1660513/68‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCtgat < 1:1387935/68‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCtgat < 1:2831435/68‑1 (MQ=255) ggTTGGGCGTACCGGAAATGTCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTg < 1:1315366/71‑1 (MQ=255) ggTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTg < 1:1623562/71‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTGGGCa < 1:2118442/70‑1 (MQ=255) tGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTGGGCAAACTg < 1:3568704/71‑1 (MQ=255) | CGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGACGCTGGGCAAACTG > W3110S.gb/4491004‑4491136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |