Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	70,244	T→C	intergenic (‑196/‑143)	araB ← / → araC	L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	70,244	0	T	C	97.1%	118.1 / ‑3.5	34	intergenic (‑196/‑143)	araB/araC	L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (16/17);  minor base . (1/0);  total (17/17)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01

GACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGA  >  W3110S.gb/70209‑70303                                    |                                                            gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTTGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg                           <  1:616303/70‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg                           <  1:4055638/70‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg                           <  1:319380/70‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg                           <  1:2299082/70‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg                           <  1:2283770/70‑1 (MQ=255)   cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt                         >  1:3296467/1‑70 (MQ=255)    acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa                       >  1:1406985/1‑71 (MQ=255)    acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa                       >  1:5407/1‑71 (MQ=255)    acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa                       >  1:2727391/1‑71 (MQ=255)    acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTa                       >  1:114346/1‑71 (MQ=255)    acTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGG‑CCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAc                      >  1:367004/1‑71 (MQ=255)        ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACa                                               >  1:872842/1‑43 (MQ=255)               gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt             >  1:2136095/1‑70 (MQ=255)               gcgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt             >  1:735121/1‑70 (MQ=255)                cgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt             >  1:3817604/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:2479746/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:989794/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:1995041/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:3234439/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:2055675/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:3046195/1‑69 (MQ=255)                    tttGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc         >  1:2088631/1‑69 (MQ=255)                      tGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:3594807/70‑1 (MQ=255)                      tGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:3008636/70‑1 (MQ=255)                      tGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:4067278/70‑1 (MQ=255)                      tGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:523035/70‑1 (MQ=255)                      tGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:162245/70‑1 (MQ=255)                          aTGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga  <  1:3562066/70‑1 (MQ=255)                          aTGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga  <  1:4005219/70‑1 (MQ=255)                           tGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:200997/65‑1 (MQ=255)                           tGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:2953477/65‑1 (MQ=255)                           tGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:638019/65‑1 (MQ=255)                           tGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:2945190/65‑1 (MQ=255)                           tGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag      <  1:2527799/65‑1 (MQ=255)                                    |                                                            GACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGA  >  W3110S.gb/70209‑70303

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑