| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,522,458 | G→A | R161R (AGG→AGA) | yncC → | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,522,458 | 0 | G | A | 96.5% | 178.3 / ‑1.7 | 58 | R161R (AGG→AGA) | yncC | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (21/35); total (23/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACGG > W3110S.gb/1522394‑1522512 | tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg > 1:2297991/1‑71 (MQ=255)tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg > 1:2293326/1‑71 (MQ=255)tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg > 1:4117994/1‑71 (MQ=255)tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg > 1:1757983/1‑71 (MQ=255)tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATgggg > 1:3264197/1‑71 (MQ=255)tAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATggg > 1:326527/1‑70 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:828320/71‑1 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:2409949/71‑1 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:3916509/71‑1 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:55977/71‑1 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:609754/71‑1 (MQ=255) aTTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTgg < 1:2948256/71‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGttt < 1:1771454/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:1659260/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:3798028/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:1941972/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:3685649/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:3316258/70‑1 (MQ=255) tATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGtt < 1:2262555/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTTGTTTa < 1:1972413/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa < 1:2520272/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa < 1:288014/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa < 1:3795927/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa < 1:4005884/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTa < 1:1308459/70‑1 (MQ=255) tcatcGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCGGGTTTa < 1:3918385/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATg > 1:1238311/1‑69 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:2927694/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:2592375/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:3074819/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:914924/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:3095745/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:708247/70‑1 (MQ=255) tGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:602178/70‑1 (MQ=255) gCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:1311091/69‑1 (MQ=255) aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa < 1:977524/66‑1 (MQ=255) aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa < 1:733102/66‑1 (MQ=255) aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa < 1:1336521/66‑1 (MQ=255) aTCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGaa < 1:2149489/66‑1 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:3487939/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:1441594/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:2450714/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:308326/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:864233/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:819967/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:3195626/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:1365067/1‑71 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTa < 1:1977687/70‑1 (MQ=255) cTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTa < 1:2590870/70‑1 (MQ=255) cTGTGTCAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTaa > 1:8875/1‑71 (MQ=255) tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGcc > 1:1765360/1‑36 (MQ=255) tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc > 1:3261897/1‑50 (MQ=255) tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc > 1:3250503/1‑50 (MQ=255) tgAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTAtc > 1:1883399/1‑50 (MQ=255) agaTGATTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGa < 1:1387307/55‑1 (MQ=255) tgatTGAGCAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGaa > 1:1740729/1‑71 (MQ=255) cAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACgg > 1:2173607/1‑69 (MQ=255) cAACTGTGGGTCAGAATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACgg > 1:1019665/1‑69 (MQ=255) | TAGCGATTTATCATCGCTCAAATATGCCCATCCTGTGTGAGATGATTGAGCAACTGTGGGTCAGGATGGGGCCTGGTTTACATTATCTCTATGAAGCGATTAATCCAGCGGAATTACGG > W3110S.gb/1522394‑1522512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |