| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,965,064 | G→A | I567I (ATC→ATT) | flhA ← | predicted flagellar export pore protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,965,064 | 0 | G | A | 91.5% | 162.9 / 6.4 | 59 | I567I (ATC→ATT) | flhA | predicted flagellar export pore protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/0); new base A (36/18); total (41/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
ACTGCTGGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACTTTTTCA > W3110S.gb/1964997‑1965127 | aCTGCTGGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATg > 1:3541698/1‑71 (MQ=255) tAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGt > 1:3755159/1‑71 (MQ=255) tAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGt > 1:1916919/1‑71 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGtt > 1:3459192/1‑71 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGtt > 1:3203092/1‑71 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGtt > 1:3181165/1‑71 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGtt > 1:638645/1‑71 (MQ=255) ccAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGt > 1:3517214/1‑70 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGtt > 1:1511681/1‑58 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGttt > 1:1106855/1‑70 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:3317718/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:3213267/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:3077176/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:4120876/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:2215870/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:3619445/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:835268/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:4090032/1‑71 (MQ=255) aaCGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTc > 1:2770883/1‑71 (MQ=255) gCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTTGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:876246/71‑1 (MQ=255) gCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:928088/71‑1 (MQ=255) gCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:2384534/71‑1 (MQ=255) aaTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGaa < 1:2095139/70‑1 (MQ=255) aaTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGaa < 1:2640718/70‑1 (MQ=255) aTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:1890133/58‑1 (MQ=255) aTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:2886690/58‑1 (MQ=255) aTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:284223/58‑1 (MQ=255) aTTCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTgcg < 1:2301231/58‑1 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCa > 1:2023577/1‑37 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:4034345/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:2249073/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:3049013/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:1605830/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:1516191/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:3288243/1‑58 (MQ=255) tCATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCa > 1:763760/1‑58 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCgg > 1:3705238/1‑70 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCgg > 1:207199/1‑70 (MQ=255) cATGTGGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCgg > 1:1702964/1‑70 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:460596/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:1227360/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:3041017/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:2625131/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:2168755/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:1317985/1‑71 (MQ=255) gtgGATCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACt > 1:1860489/1‑71 (MQ=255) aTCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:3023846/39‑1 (MQ=255) aTCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:2992042/39‑1 (MQ=255) aTCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACttttt > 1:3917622/1‑71 (MQ=255) aTCGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACtttt > 1:3577207/1‑70 (MQ=255) cGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGaa > 1:408793/1‑39 (MQ=255) cGCTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACTTTTTCa > 1:874189/1‑71 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCgag < 1:3681268/35‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:1260623/50‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:3429636/50‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:1668938/50‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:1759615/50‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:2035670/50‑1 (MQ=255) cTTTGAATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATc < 1:2337324/50‑1 (MQ=255) | ACTGCTGGGTAATCGCCCGTCCCAACGCCACGCGCACGACGGCGGTTAATTCATGTGGATCGCTTTGGATGGGCGCATGTTCCGCCAGCGTTTCGAGAATGGTGCGCATATCGCGAATCGGTACTTTTTCA > W3110S.gb/1964997‑1965127 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |