Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2754269	2754311	43	68 [0]	[0] 69	smpB/intA	trans‑translation protein/integrase

CTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGA  >  W3110S.gb/2754204‑2754268                                                                 | cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTTGa  >  1:288644/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:410589/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:625141/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:612403/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:603392/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:540975/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:459626/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:458371/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:41738/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:414882/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:63298/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:410571/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:326686/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:27252/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:208487/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1873060/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1838824/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:768747/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:997371/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:983999/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:973956/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:971332/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:9459/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:854339/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:848166/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:831935/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1824194/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:766420/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:7630/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:733154/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:724407/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:69461/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:691949/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:673857/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1303599/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1431833/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:139826/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1388773/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1378456/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1360098/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:13542/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1353292/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1328465/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1454581/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1268116/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1228610/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1165863/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1130520/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1116533/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1094950/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1092607/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:159781/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1802737/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1730770/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1712923/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1697555/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1664273/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1649382/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1621029/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1602220/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1070519/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1553492/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1550082/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1549096/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:148929/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1476705/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1473732/1‑65 (MQ=255) cTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGa  >  1:1460009/1‑65 (MQ=255)                                                                 | CTGGTCATGGCGCTCATAAATCTGGTATACTTACCTTTACACATTGGGGCTGATTCTGGATTCGA  >  W3110S.gb/2754204‑2754268

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑