Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2760198	2760261	64	56 [0]	[0] 6	yfjK	conserved hypothetical protein

AAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAT  >  W3110S.gb/2760133‑2760197                                                                 | aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGGAt  <  1:243335/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:635117/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:31429/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:331186/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:34/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:366496/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:435607/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:44328/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:48191/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:585217/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:619726/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:624030/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:631534/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:635018/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1078591/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:637512/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:642471/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:691713/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:706247/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:713486/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:795667/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:80998/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:828283/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:841082/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:860185/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:865576/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:924647/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:972784/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:286160/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1071772/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1079575/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1168518/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1170131/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1246224/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1335193/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1371301/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1388343/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1414008/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1431832/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1437314/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1447838/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1612124/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1637244/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1642368/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1673481/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1688465/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1697584/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1784363/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1812443/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1819546/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:244584/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:312863/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTATAAGGCAt  <  1:1120720/65‑1 (MQ=255) aaaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGCAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1379071/65‑1 (MQ=255)  aaTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:1603648/64‑1 (MQ=255)   aTTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAt  <  1:979534/63‑1 (MQ=255)                                                                 | AAATTCCAGCAAGTCTACCAGTCGGTGTAACGTCTGAATGGGAATGCCAATCTCTTCTAAGGCAT  >  W3110S.gb/2760133‑2760197

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑