Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2849298	2849585	288	87 [0]	[0] 25	[hypA]	[hypA]

ATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAG  >  W3110S.gb/2849233‑2849297                                                                 | attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGTAATAGTTAATGGGAg  <  1:570002/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGTGAg  <  1:1121317/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:330394/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:581753/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:560879/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:558668/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:553750/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:537669/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:530068/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:46622/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:40270/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:362919/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:362207/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:582656/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:292985/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:269705/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:265598/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:232602/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:209585/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1847583/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1837765/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1815183/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:180326/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:774320/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:988631/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:98241/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:973483/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:972521/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:963078/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:933126/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:897466/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:890221/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:822915/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:79734/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1791304/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:767714/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:766888/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:73817/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:665921/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:645619/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:639031/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:630665/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:604738/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:587606/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1218926/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1512941/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1498344/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1493891/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1474738/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1343664/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1333527/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1297898/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1296949/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1289542/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1271065/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1532067/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1213297/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:120339/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1181205/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:116967/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1165577/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1152691/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1127048/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1117170/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1027774/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1535962/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1771231/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1767329/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1764298/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1763015/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1756261/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1747227/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1721220/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1719878/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1701809/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1679580/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1650314/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:164906/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:164824/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1615828/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1572642/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:156696/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1562009/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1549480/65‑1 (MQ=255) attCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:1027429/65‑1 (MQ=255)  ttCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:123419/64‑1 (MQ=255)        gCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAg  <  1:416569/58‑1 (MQ=255)                                                                 | ATTCACCGCAGGGATAATCAACACTGGCACAATTATTGCTTGTAGCTGGCAATAGTTAATGGGAG  >  W3110S.gb/2849233‑2849297

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑