Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2994005	2994008	4	88 [0]	[0] 97	ygeM	hypothetical protein

ATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAATTAT  >  W3110S.gb/2993941‑2994004                                                                | atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:287133/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:491730/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:480762/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:478611/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:461144/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:431033/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:400967/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:389734/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:354659/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:319482/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:301370/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:506786/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:280772/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:274358/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:219408/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:206130/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1884252/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1879013/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1861647/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1857448/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1856806/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1007294/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:702591/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:911167/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:907406/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:886379/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:808798/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:800112/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:795361/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:785354/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:749794/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:732827/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:7160/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1810622/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:691653/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:645741/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:625457/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:62443/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:610188/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:57708/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:574976/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:564638/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:554505/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:119536/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1798195/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1354600/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1347619/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1347306/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1341948/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1334193/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1310165/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1270778/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1266111/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1256689/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1393358/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1174175/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1151856/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1147983/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1107728/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1095929/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1088449/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1074640/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1073032/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1045538/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1008532/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1552602/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1708685/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1675730/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1659616/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1621596/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1590150/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1582678/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:152128/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1509365/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1496877/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1487753/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1746349/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1751486/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1752321/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1395410/64‑1 (MQ=255) atTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGGCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1255537/64‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1786452/63‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:1734798/63‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:170822/63‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:527132/63‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTACCAAAACAGAattat  <  1:1431538/63‑1 (MQ=255)  ttCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGGCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:146431/63‑1 (MQ=255)                            aGCTATATGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAattat  <  1:434464/37‑1 (MQ=255)                                                                | ATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACAGAATTAT  >  W3110S.gb/2993941‑2994004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑