Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3111253	3111259	7	41 [0]	[0] 47	yghF	predicted secretion pathway protein, C‑type protein

ATCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCAA  >  W3110S.gb/3111188‑3111252                                                                 | aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:5179/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:166449/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1854976/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1882114/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:198762/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:214459/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:306480/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:473584/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:491064/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1079477/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:612688/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:615770/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:629442/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:910811/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:919564/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:940222/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:986394/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1057376/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1586594/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1161611/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:156483/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1503420/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1367134/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1213385/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1350795/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1218267/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1277118/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1227772/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1245932/65‑1 (MQ=255) aTCACATGGGCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1481470/65‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1666126/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:986330/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1221397/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:563372/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:521254/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1303917/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1855140/64‑1 (MQ=255)  tCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:167120/64‑1 (MQ=255)   cacaTGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:434829/63‑1 (MQ=255)   cacaTGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:993190/63‑1 (MQ=255)                           aaTCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCaa  <  1:1654820/39‑1 (MQ=255)                                                                 | ATCACATGGTCGCGGTTGATTTCCTCAATCACCGCGTTGTGAGAGCCAAGCGTTTCACCCTGCAA  >  W3110S.gb/3111188‑3111252

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑