Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3159316	3159373	58	34 [0]	[0] 62	ygiQ	conserved hypothetical protein

CAGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCT  >  W3110S.gb/3159251‑3159315                                                                 | caGCACGGAACTGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:428340/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGTCt  <  1:102/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:272807/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:988413/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:324288/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:331533/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:391905/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:39651/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:438924/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:486049/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:542262/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:650468/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:863629/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:910267/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:912445/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:938226/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1018425/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1590097/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1208049/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1217001/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1332863/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1471038/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1489933/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1518673/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:20374/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:160726/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1616483/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1672419/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1693163/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1848441/65‑1 (MQ=255) caGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:193465/65‑1 (MQ=255)  aGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:1603460/64‑1 (MQ=255)             gcgcACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:656184/53‑1 (MQ=255)              cgcACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCt  <  1:984018/52‑1 (MQ=255)                                                                 | CAGCACGGAACGGCGCACGGTATCGGACCAGTAATCATAATGCGCGGTACGGCGCAGACTAGCCT  >  W3110S.gb/3159251‑3159315

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑