Missing coverage evidence...
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CTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAT  >  W3110S.gb/279544‑279607                                                                | cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCTAt  <  1:242079/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1767795/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:92110/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:902866/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:862277/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:796566/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:796058/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:775994/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:464987/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:384007/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:275280/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:274531/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:272448/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1773518/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1088953/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1709913/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1685134/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1666544/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1665792/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1637139/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1503952/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1497882/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1484613/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1388248/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1344591/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1319456/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1218149/64‑1 (MQ=255) cTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1142268/64‑1 (MQ=255)                  tctTCGGGATAACGCTCACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:234724/47‑1 (MQ=255)                     tCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCTCCTCTCTTTAAGCCAt  <  1:1238029/44‑1 (MQ=255)                                                                | CTGCTTCAGTTTTAAACTCTTCGGGATAACGCTTACCGCTCATGGGCACCTCTCTTTAAGCCAT  >  W3110S.gb/279544‑279607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑