Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3287954	3288026	73	50 [0]	[0] 104	yraI	predicted periplasmic pilin chaperone

GTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAA  >  W3110S.gb/3287889‑3287953                                                                 | gccAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1048429/63‑1 (MQ=255) gTCAGATAAGGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1547240/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:621001/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:25176/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:261504/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:290702/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:294989/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:377048/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:402473/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:460522/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:460620/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:480519/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:489286/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:540598/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:550550/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:208830/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:633986/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:731262/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:738730/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:757939/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:786584/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:832817/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:836517/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:883700/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:94456/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1627450/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1166089/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:121419/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1296690/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1300619/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1378458/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1407347/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1426920/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1575152/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1151530/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1018791/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1639842/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1682854/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:175186/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:175926/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:179055/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1842972/65‑1 (MQ=255) gTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:194747/65‑1 (MQ=255)       tAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1680303/59‑1 (MQ=255)       tAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1747109/59‑1 (MQ=255)       tAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:335412/59‑1 (MQ=255)           gCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:628809/55‑1 (MQ=255)             ccTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1023427/53‑1 (MQ=255)              cTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1600564/52‑1 (MQ=255)                        ctctTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCaaaa  <  1:1587026/42‑1 (MQ=255)                                                                 | GTCAGATAACGCCCTTTTCCTTCCTCTTTCTCGTTGTATCAGGTTGAAAAATAACTATGTCAAAA  >  W3110S.gb/3287889‑3287953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑