Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3308225	3308361	137	46 [0]	[0] 152	nlpI	conserved hypothetical protein

TGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCAA  >  W3110S.gb/3308176‑3308224                                                 | tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:532170/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:345945/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:41936/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:426170/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:450261/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:457893/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:464007/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:465119/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:482462/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:506010/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:511432/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1048528/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:58001/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:614228/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:640987/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:648429/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:723017/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:74316/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:81600/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:816073/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:882668/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:997926/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:152123/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1009092/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1075147/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1196213/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1199131/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1298599/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1349108/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1420538/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1482779/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1493964/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1494452/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:275709/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1640454/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1715544/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1731945/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1801103/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:1837376/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:187666/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:18814/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:234770/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:236897/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:271524/49‑1 (MQ=255) tGTTCCATCCCCACTGTTACTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:81601/49‑1 (MQ=255)               tGTTCCTTATGCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCaa  <  1:330222/35‑1 (MQ=255)                                                 | TGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCAA  >  W3110S.gb/3308176‑3308224

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑