Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3345059	3345070	12	36 [0]	[0] 9	rpoN	RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor

TCGTCGATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCG  >  W3110S.gb/3345002‑3345058                                                         | tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCTCTGGAAGATATTCTCg  <  1:749628/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:201022/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:200967/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:210671/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:23307/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:311055/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:353446/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:570525/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:648304/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:672511/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:781391/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:791504/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:82784/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:828739/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:872640/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:917372/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:959056/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:964651/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1874554/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1236558/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1245625/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1321436/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1393768/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1403645/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:141459/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1489343/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1632045/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1676556/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1744721/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:175017/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1797392/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1837300/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1861089/57‑1 (MQ=255) tcgtcgATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1062544/57‑1 (MQ=255)      gATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCg  <  1:1136170/52‑1 (MQ=255)         gCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAATATATTCTCg  <  1:1162529/49‑1 (MQ=255)                                                         | TCGTCGATGCCGTTGATGAAACCGGTTATCTGACTGTCCCGCTGGAAGATATTCTCG  >  W3110S.gb/3345002‑3345058

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑