Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3389536	3389892	357	78 [0]	[0] 32	aaeR	predicted DNA‑binding transcriptional regulator, efflux system

TCAGTCAGACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACG  >  W3110S.gb/3389472‑3389535                                                                | tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCGGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1370495/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:275119/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:489777/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:435572/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:430245/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:377941/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:353846/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:320558/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:309358/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:307537/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:57025/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:272263/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:269907/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:263192/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:214664/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:205524/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1012629/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1825937/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1823938/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:737857/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:988373/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:959019/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:941729/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:924100/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:818135/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:809706/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:800136/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:761672/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:512712/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:727268/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:723121/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:69445/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:67108/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:663458/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:656544/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:591137/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1855617/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1196224/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1823572/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1411207/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1403740/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1402819/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1387411/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1383195/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1308742/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1265000/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1229604/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1411318/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1182145/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1170839/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1158659/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1142483/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1119775/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:111238/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1083818/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1053343/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1681018/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1777180/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1774853/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1770233/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1765579/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1701530/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1700601/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1694589/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1464480/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1622761/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1598772/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1594421/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1540168/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:152122/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTCGAAGATGAGTTGCAGGTAAATCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1566764/64‑1 (MQ=255) tcagtcagACGGTATCAAAACTAGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:374191/64‑1 (MQ=255)  cagtcagACTGTATCAAAACTCGAAGATGAGTTGCAGGTAAATCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:1564658/63‑1 (MQ=255)  cagtcagACGGTATCAACACTGGAAGATGAGTGGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:985864/63‑1 (MQ=255)  cagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:909515/63‑1 (MQ=255)  cagtcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:203672/63‑1 (MQ=255)     tcagACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:465909/60‑1 (MQ=255)         aCGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACg  <  1:732312/56‑1 (MQ=255)                                                                | TCAGTCAGACGGTATCAAAACTGGAAGATGAGTTGCAGGTAAAGCTGTTAAACCGTAGCACACG  >  W3110S.gb/3389472‑3389535

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑