Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3539117	3539239	123	26 [0]	[0] 106	[rhaB]	[rhaB]

TACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAACA  >  W3110S.gb/3539052‑3539116                                                                 | tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCGTCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:239229/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGATca  <  1:2789/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1856804/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:991757/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:854195/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:760647/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:671025/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:666834/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:482914/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:407649/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:357233/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:221431/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1863192/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1071477/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:17035/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1690401/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1606816/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1585957/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1528468/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1482131/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1420206/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1399414/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1309113/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1201417/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1154360/65‑1 (MQ=255) tACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAAca  <  1:1123967/65‑1 (MQ=255)                                                                 | TACAGCGTGAATTTTCAGGAAATGCGGTGAGCATCACATCACCACAATTCAGCAAATTGTGAACA  >  W3110S.gb/3539052‑3539116

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑