Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3543869	3543944	76	62 [0]	[0] 3	frvA	predicted enzyme IIA component of PTS

CTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGCTCT  >  W3110S.gb/3543804‑3543868                                                                 | cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:425255/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1052315/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1809587/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1829659/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1876368/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1879338/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1879478/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:192717/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:196164/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:253497/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:28974/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:297900/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:353860/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:380339/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:40468/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1786223/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:533947/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:59653/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:598624/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:601697/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:603882/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:635656/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:641279/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:706535/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:713952/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:789680/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:928209/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:937390/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:986613/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:999639/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1380667/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1100341/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1127869/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1166504/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1175241/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1199291/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1205366/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1237080/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1239881/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1267877/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1283420/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1293150/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1294464/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1320576/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:136172/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1364262/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:176914/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1407439/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1412546/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:148490/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1540076/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:155612/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1580068/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:158623/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1609199/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1611709/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1714054/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1716264/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1731427/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1755087/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATAGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:39538/1‑65 (MQ=255) cTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTAAGGAGTCCGATTAATGGCAGctct  >  1:1862904/1‑65 (MQ=255)                                                                 | CTTAATCGCTCCACCATTACAATTGATTAAAATATATTTTATGGAGTCCGATTAATGGCAGCTCT  >  W3110S.gb/3543804‑3543868

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑