Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3816833	3816849	17	77 [0]	[0] 23	spoT	bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase

ATATCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATGCG  >  W3110S.gb/3816768‑3816832                                                                 | atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACTATgcg  >  1:1221836/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:375207/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:510353/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:487804/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:476218/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:463601/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:463460/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:458553/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:42268/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:386662/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:555172/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:328042/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:289162/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:267765/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:21581/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1873602/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1871691/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1849180/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1795039/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:17797/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:675909/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:964701/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:905677/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:828972/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:801478/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:772053/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:749759/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:705294/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:687122/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:68671/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:53615/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:671260/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:642796/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:640148/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:626397/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:602073/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:568059/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:557866/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1695663/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1186753/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1360861/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1357969/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:135513/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1340855/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1258373/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1256307/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1241925/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1198979/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1187586/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1368399/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1117163/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1097022/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1071077/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:104570/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1036619/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1030827/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1015730/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1010463/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1495473/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1003812/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1680298/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1623783/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1607433/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1585540/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1578507/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1544885/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1535087/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1737408/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1492881/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1490354/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1482222/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1452599/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1432289/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1429836/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1424329/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATgcg  >  1:1393309/1‑65 (MQ=255) atatCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCACGACAATgcg  >  1:1663880/1‑65 (MQ=255)                                                                 | ATATCGGTATGCACTGCATAAGCGAAGTCGACGGGCGTTGCACCGGCAGGCAGCTCGACAATGCG  >  W3110S.gb/3816768‑3816832

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑