Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3852644	3852764	121	53 [0]	[0] 5	envC	protease with a role in cell division

TTAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTG  >  W3110S.gb/3852579‑3852643                                                                 | ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:463510/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1776922/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1791137/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1797264/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1808146/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:238590/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:239087/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:251049/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:298528/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:35783/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:369385/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:373612/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:384392/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:419142/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1736055/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:481529/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:557640/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:624124/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:66686/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:677060/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:705691/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:73775/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:885376/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:888655/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:938145/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:940565/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:993199/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1331316/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1039392/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1059401/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1067282/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1091128/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1096587/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1173025/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1236142/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1265277/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:128825/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1308737/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1312191/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1318118/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1016645/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1357606/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1385058/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1411206/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1424270/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1443942/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1495395/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1511579/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1544915/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:155987/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1584679/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:1626302/1‑65 (MQ=255) ttAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTg  >  1:168150/1‑65 (MQ=255)                                                                 | TTAACTTCAGTACCTTCAGAAGCACCGATAACCATACCTTTCCAGCGTAATTCACCCTGTAGCTG  >  W3110S.gb/3852579‑3852643

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑