Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3943963	3944060	98	83 [0]	[0] 140	bcsE/yhjR	conserved hypothetical protein/conserved hypothetical protein

GCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTC  >  W3110S.gb/3943899‑3943962                                                                | gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:361037/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:554379/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:539904/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:51610/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:488029/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:442140/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:441989/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:428154/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:406914/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:386170/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:378425/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:614346/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:273835/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:249729/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:243307/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:243234/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1874611/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1853991/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:183426/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1824199/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1811797/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:851630/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:991139/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:987551/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:953386/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:929898/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:929705/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:898864/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:879488/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:868439/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:866386/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:854540/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1790363/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:842678/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:83109/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:830032/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:820427/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:771149/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:74955/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:732910/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:686118/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:675905/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1216252/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1435897/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1421478/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1372327/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1368071/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1366747/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1313253/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1296958/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1278620/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1271272/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1246391/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1473590/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1212461/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1202567/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1134161/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1110215/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1101822/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1081172/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1067712/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1035294/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1021652/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1637528/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1773204/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:176808/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1726192/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1718991/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:170922/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1706119/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1676106/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1673112/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1014658/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1616535/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:159128/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1590495/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1578781/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1567390/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1543662/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1498074/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1479406/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATCTCCCTCATGTc  >  1:1617178/1‑64 (MQ=255) gCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACAGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTc  >  1:1647604/1‑64 (MQ=255)                                                                | GCAGCTCATCCCATAATGATGAGATACCGATAGAGAATACAGGGTCCACAATGTCCCTCATGTC  >  W3110S.gb/3943899‑3943962

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑