Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3954880	3954961	82	51 [0]	[0] 21	yhjK	predicted diguanylate cyclase

CGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGC  >  W3110S.gb/3954815‑3954879                                                                 | cGTTAACAATCAAGCAGATGTCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1081599/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1821625/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:984154/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1832937/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1856133/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:252039/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:300041/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:332857/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:333903/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:362148/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:403235/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:403904/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:460339/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:46275/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:493611/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:509644/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:602319/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:638808/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:689929/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:746718/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:783652/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:811613/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:90320/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:931530/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:953087/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1020366/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1520115/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1091285/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1091446/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1207157/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1215492/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1250042/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1254776/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1273392/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1369230/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1451793/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1506087/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1516731/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1803352/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1533708/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1541839/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:155944/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:15757/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1622312/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1667413/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1681081/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1682918/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1685503/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGc  >  1:1742757/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTCTTTGc  >  1:773677/1‑65 (MQ=255) cGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTGTTATTTTTTGc  >  1:1631602/1‑65 (MQ=255)                                                                 | CGTTAACAATCAAGCAGATGGCAATGGTGGCAGCCGTTGTCCTGGTGTTCGTTTTTATTTTTTGC  >  W3110S.gb/3954815‑3954879

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑