Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3961452	3961549	98	26 [0]	[0] 62	yhjH	EAL domain containing protein involved in flagellar function

TCACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTC  >  W3110S.gb/3961387‑3961451                                                                 | gcACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1028136/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1829140/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:973379/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:847923/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:838068/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:827232/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:708640/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:650674/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:592073/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:368952/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:188220/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1847641/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1786109/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1727835/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1698776/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1598167/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1587915/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1494956/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1458671/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1346252/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1281157/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1166355/64‑1 (MQ=255)  cACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:103336/64‑1 (MQ=255)   aCGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:563043/63‑1 (MQ=255)   aCGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:1143592/63‑1 (MQ=255)                       gCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTc  <  1:871496/43‑1 (MQ=255)                                                                 | TCACGCATCCCTTGAACCCTTCGCAACGCCTGCCGCCGGATCGCTATTTTACTGAAATCACCGTC  >  W3110S.gb/3961387‑3961451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑