Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4021335	4021466	132	93 [0]	[0] 121	[nikR]	[nikR]

AAAAAGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGTT  >  W3110S.gb/4021270‑4021334                                                                 | aaaaaTCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:693656/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAATATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1218496/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:51549/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:566986/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:495097/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:460430/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:454808/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:450110/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:449710/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:441829/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:421438/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:406602/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:390359/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:389933/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:380975/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:370769/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:329081/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:314404/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:309605/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:292540/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:289228/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:251388/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:244679/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:204284/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:754355/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:982869/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:933026/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:908783/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:882246/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:815665/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:811208/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:805958/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:801445/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:771063/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:756645/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:53612/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:741516/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:732754/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:63896/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:632990/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:587646/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:584378/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:584090/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:57680/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:571119/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:198626/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1196411/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1007385/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1566097/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1555655/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1555053/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1542101/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1495458/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1487597/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1469411/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1378501/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1344213/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1246067/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1576255/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:11818/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1168942/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1141566/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1134567/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1085486/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1068731/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1037973/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1028822/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1020862/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1018961/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1771063/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:189552/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1870484/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1854179/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1851469/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1811526/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1806701/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1802901/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1796928/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1785103/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1784300/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1620951/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1770509/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1766627/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1760393/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:175916/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1757223/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:170738/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1675915/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1645/65‑1 (MQ=255) aaaaaGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1636265/65‑1 (MQ=255)                  ttGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:1520431/48‑1 (MQ=255)                          acaATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:847422/40‑1 (MQ=255)                            aaTGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGtt  <  1:419903/38‑1 (MQ=255)                                                                 | AAAAAGCGAAGAAAAACTTGTGGTCACAATGAATTGAAGATTTTTAGGAATATATTTAGAACGTT  >  W3110S.gb/4021270‑4021334

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑