Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4550253	4550298	46	39 [0]	[0] 6	fimD	outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis

ATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGA  >  W3110S.gb/4550188‑4550252                                                                 | aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:748303/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:202569/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:268721/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:497072/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:504145/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:528725/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:646970/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:647276/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:689619/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1099810/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:788755/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:807211/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:809503/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:830662/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:89086/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:91519/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:956987/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1781737/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1016608/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1110453/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1224499/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1225740/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1226529/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:150223/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1502304/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1583434/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1752409/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:181415/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGGCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:776719/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTGGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1773762/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTAGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:498942/65‑1 (MQ=255) aTTAACCACAATGGGCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:314779/65‑1 (MQ=255)  ttAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1725523/64‑1 (MQ=255)  ttAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1366917/64‑1 (MQ=255)  ttAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1366368/64‑1 (MQ=255)      ccACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:735296/60‑1 (MQ=255)                   ggACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:816068/47‑1 (MQ=255)                      cGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:546122/44‑1 (MQ=255)                              cgcATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGa  <  1:1611090/36‑1 (MQ=255)                                                                 | ATTAACCACAATGGTCCAGGACGCTACTGCGCATCTGGATGTTGGTCAGCAGCGACTGAACCTGA  >  W3110S.gb/4550188‑4550252

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑