Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	484823	484834	12	72 [0]	[1] 55	acrA	multidrug efflux system

TGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGT  >  W3110S.gb/484758‑484822                                                                 | tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:339910/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:704988/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:676074/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:563745/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:538921/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:523310/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:502684/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:469295/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:40770/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:721507/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:337764/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:327792/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:319144/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:306319/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:207957/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1857923/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1843131/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1008230/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:800808/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:996427/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:979373/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:967923/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:902078/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:862838/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:851851/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:840089/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:81420/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1804963/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:783474/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:777414/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:768805/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:752387/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:736726/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:736381/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:734425/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:726491/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:125655/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1439631/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1395272/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1382474/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1344746/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1330515/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1327227/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:130874/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1297312/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1424983/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1209465/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1208890/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1114999/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1098096/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1090740/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1077518/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1015802/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1585865/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1743482/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1736841/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:170912/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1675045/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1664300/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1620612/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1588642/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:145102/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1551741/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1541257/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1538163/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1531634/65‑1 (MQ=255) tGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1517552/65‑1 (MQ=255)  gTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1613573/64‑1 (MQ=255)  gTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:917109/64‑1 (MQ=255)  gTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:174919/64‑1 (MQ=255)          tcACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1464209/56‑1 (MQ=255)                ccTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGt  <  1:1391976/50‑1 (MQ=255)                                                                 | TGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGT  >  W3110S.gb/484758‑484822

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑