Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	522507	522560	54	46 [0]	[0] 48	rhsD	rhsD element protein

GCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGGCGC  >  W3110S.gb/522443‑522506                                                                | gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:636250/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:208773/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:21628/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:250183/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:276009/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:291346/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:371251/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:372012/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:489757/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:519485/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:583665/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1869723/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:637664/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:681305/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:708443/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:740896/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:754082/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:834377/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:926096/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:926286/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:950812/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:992700/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1421448/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1110875/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1140096/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1207672/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1209412/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1212561/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1225509/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1226146/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1276453/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1305330/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1384124/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1430041/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1063443/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1441910/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1446266/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1461363/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1635281/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:16835/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1738273/64‑1 (MQ=255) gCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1778289/64‑1 (MQ=255)        caGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1631258/57‑1 (MQ=255)          gggATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1062727/55‑1 (MQ=255)             atatGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:424892/52‑1 (MQ=255)                     aaTAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGgcgc  <  1:1031667/44‑1 (MQ=255)                                                                | GCTAACACAGGGATATGAACAATAACTAAAAGGGCACTTTATATGAGCGGAAAACCAGCGGCGC  >  W3110S.gb/522443‑522506

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑