Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	564183	564326	144	59 [0]	[1] 39	intD	predicted integrase

TCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCC  >  W3110S.gb/564118‑564182                                                                 | tcacATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:185/4‑65 (MQ=255) tcacATGCTCTGTCAAATGATTAAGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:406/4‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGCCTcc  >  1:434022/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:514479/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:242741/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:243623/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:258403/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:289996/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:305319/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:317659/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:335281/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:355390/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:37172/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:375144/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:478874/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:218985/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:518548/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:573281/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:577806/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:594566/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:667579/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:738121/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:772959/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:781310/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:782393/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:792086/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:839318/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:943682/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:968903/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:988569/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1545986/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1081045/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1108873/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1126256/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1130549/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1138136/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1151238/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1198875/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1244679/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1347020/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1387313/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1423219/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1475526/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1505784/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1516395/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:222722/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1564199/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1586498/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1600427/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1662385/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1682285/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1712354/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:171853/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1764072/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1811070/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1854460/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:191817/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:199401/1‑65 (MQ=255) tCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTcc  >  1:1064005/1‑65 (MQ=255)                                                                 | TCGCATGCTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCC  >  W3110S.gb/564118‑564182

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑