Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1041180	1041200	21	48 [0]	[0] 49	appA	phosphoanhydride phosphorylase

CGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCC  >  W3110S.gb/1041115‑1041179                                                                 | cGGAGCTGAAGCTGTAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:996883/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1858715/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:321286/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1089930/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:334199/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:446155/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:492715/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:508904/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:513057/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:573382/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:601162/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:615360/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:653005/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:692767/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:741967/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:79629/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:869589/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:903356/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:922176/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1816711/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1155452/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1183648/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1219432/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1289674/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1293184/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1431913/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1495760/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1503905/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1536557/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1550738/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1568330/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1601280/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1824629/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1753669/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1568363/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1604611/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCGCCAACCAAGGcc  <  1:203356/65‑1 (MQ=255) cGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGGGCTCCAACCAAGGcc  <  1:70294/65‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1463335/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:336331/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:345890/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:302514/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:824332/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:936650/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:1141542/64‑1 (MQ=255)  ggAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGGCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:39256/64‑1 (MQ=255)                       ggtgATTGGCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:391477/43‑1 (MQ=255)                          gATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGcc  <  1:232881/40‑1 (MQ=255)                                                                 | CGGAGCTGAAGCTGGAAAGTGTGGTGATTGTCAGTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCC  >  W3110S.gb/1041115‑1041179

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑