Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1054913	1055340	428	60 [0]	[0] 113	torS	hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with TorR

CAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGA  >  W3110S.gb/1054849‑1054912                                                                | cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:574475/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1789654/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1096345/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1805827/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1846372/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1876416/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1879883/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:224727/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:300537/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:310048/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:31356/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:40343/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:414457/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:417046/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:509983/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1790635/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:576504/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:624414/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:650137/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:664633/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:683423/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:710979/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:725196/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:753559/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:770718/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:778882/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:814433/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:814657/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:851692/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1704190/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1115341/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1167528/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1192835/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1205813/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1224004/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1224634/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1251456/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1273785/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1308135/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1308138/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1400760/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1415714/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1420601/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1460052/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1723074/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1654514/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1633382/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1584112/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1566007/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1512236/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1503283/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1484/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1462213/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1428629/64‑1 (MQ=255) cAGGATAATGTACCCTTCGTCACTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:586013/64‑1 (MQ=255)  aGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:355517/63‑1 (MQ=255)  aGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1807869/63‑1 (MQ=255)   ggATAATGTACACTTCGTCTGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTGGGTTATAACCTGa  <  1:1194364/62‑1 (MQ=255)             cccTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:111390/52‑1 (MQ=255)                        tAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGa  <  1:1504078/41‑1 (MQ=255)                                                                | CAGGATAATGTACCCTTCGTCAGTAAAACGCAGGGCGTTGCTCAACAGGTTGGTTATAACCTGA  >  W3110S.gb/1054849‑1054912

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑