Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1244816	1244994	179	60 [0]	[0] 13	emtA	lytic murein endotransglycosylase E

AGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCA  >  W3110S.gb/1244750‑1244815                                                                  | agaagaAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTT‑ATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:920846/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGGTGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1690927/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:579839/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1805789/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1867928/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1873757/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:261314/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:275124/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:341751/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:353692/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:415251/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:428072/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:436422/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:497372/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:554537/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:578209/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1749695/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:597705/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:599664/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:604213/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:625260/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:647660/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:809720/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:908069/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:912888/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:91589/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:944855/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:965222/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:995954/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:995964/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:149467/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1046683/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1102187/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1198399/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:123621/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1322108/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1330291/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1391155/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1401722/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1406523/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1429969/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1431099/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1041534/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1553281/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1596985/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1607498/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1624890/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1640011/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1648558/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1651945/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1680407/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:16868/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1690293/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1718687/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1719420/65‑1 (MQ=255)  gaagaaGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1726076/65‑1 (MQ=255)   aagaagTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1583115/64‑1 (MQ=255)   aagaagTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1331154/64‑1 (MQ=255)   aagaagTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:936506/64‑1 (MQ=255)                           ccTTTTTGATTGTTTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCa  <  1:1089734/40‑1 (MQ=255)                                                                  | AGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTTCATCAAAGCA  >  W3110S.gb/1244750‑1244815

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑