Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1252458	1252846	389	81 [0]	[0] 106	[dhaR]	[dhaR]

CATCATTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCA  >  W3110S.gb/1252394‑1252457                                                                | catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:355760/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:599056/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:595003/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:564153/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:532624/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:499135/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:493230/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:481130/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:444578/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:432153/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:62179/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:286076/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:243591/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:238240/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:208195/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1882159/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1881125/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1878170/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1846137/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1004502/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:823449/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:983298/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:97131/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:957615/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:913745/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:906799/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:88647/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:879390/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:842127/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:839596/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1811468/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:815811/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:813123/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:752483/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:741043/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:732248/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:720105/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:684583/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:635892/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:623524/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1376040/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1525418/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1489046/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1487431/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1479043/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1459562/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1455593/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1441653/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1406807/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1381123/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1525770/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1351177/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1331847/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1226134/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1173896/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1172517/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1097268/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1083654/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1080291/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:104663/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1700280/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1788244/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1781213/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1745085/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1738179/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1737526/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1729130/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1725801/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1713980/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1701895/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1810051/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1694099/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1668445/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1644122/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1614180/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1579599/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1551107/64‑1 (MQ=255) catcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGATCa  <  1:1531314/64‑1 (MQ=255)  atcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:803158/63‑1 (MQ=255)  atcatTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:1773077/63‑1 (MQ=255)   tcatTGATCAATTTTTTGATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCa  <  1:50895/62‑1 (MQ=255)                                                                | CATCATTGATCAATTTTTTCATTATTTTGCTCCAGCAATTACGGTAGGGCATGGATGATGTTCA  >  W3110S.gb/1252394‑1252457

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑